計画班岩本・文東らの研究成果がFrontiers in Bioinformaticsに掲載されました。

計画班岩本・文東らの研究成果がFrontiers in Bioinformaticsに掲載されました。

Nakachi Y†*, Du J†, Watanabe R, Yanagida Y, Bundo M, Iwamoto K* (†Equal contribution, *Corresponding authors). MORE-RNAseq: a pipeline for quantifying retrotransposition-capable LINE1 expression based on RNA-seq data. Frontiers in Bioinformatics (2025) 5:1575346. https://doi.org/10.3389/fbinf.2025.1575346

研究成果の概要 ヒトゲノムには、ゲノムDNA内を移動できる可動性遺伝因子であるLINE-1配列が数十万コピー存在しますが、その大半は転移活性を失っています。従来は、配列の類似性が高いため、転移活性を持つLINE-1（rc-L1）配列に注目した発現解析は困難でした。今回、研究チームはrc-L1配列を再定義しreference配列を構築することで、ヒトやマウスのRNAseqデータからrc-L1の発現解析を可能にするパイプラインを確立しました。本手法により、攪乱RNAとしてLINE-1配列が果たす役割の解明が進むことが期待されます。本手法は、GitHubで公開しており（https://github.com/molbrain/MORE-RNAseq）、自由に利用することが可能です。